本會由會員組成會員代表大會。
會員代表大會是本行業協會的最高權力機構,理事會是會員代表大會的執行機構,理事會由會長、常務副會長、副會長、理事組成。在閉會期間領導本會開展日常工作,對會員代表大會負責。
秘書處是本協會辦事機構,為理事會閉會期間的執行機構,負責協會的日常事務工作。
根據第五屆理事會第一次會議表決,協會設置水環境治理與生態修復專業委員會、有機固廢處置與綜合利用專業委員會、城鎮污水治理與運營專業委員會、大氣與粉塵治理專業委員會、重金屬治理與土壤修復專業委員會、環境影響評價專業委員會、環境監測專業委員會、環保裝備專業委員會、核與輻射專業委員會、環境咨詢專業委員會等10個專業委員會。